Le Musée du Protestantisme en Haut-Languedoc, "Musée de France" contrôlé par le Ministère de la Culture, est animé et géré par une association loi 1901 créée en 1967. Celle-ci rassemble 142 membres, dont plus d'un tiers sont activement impliqués dans ses diverses activités, toutes bénévoles.

L'Association constitue une section locale de la Société d'Histoire du Protestantisme Français, établissement reconnu d'utilité publique le 13 juillet 1870. Elle est dirigée par un Conseil d'Administration de 12 membres. Son activité historique et muséologique est sous l'autorité d'un Conservateur assisté d'un Comité Technique Scientifique. Une charte, adoptée par son Assemblée Générale, sert de référence et précise son cadre d'action.

L'Association est partie prenante dans un projet de Pôle touristique et culturel mené par la Communauté de Communes des Vals et Plateaux des Monts de Lacaune.

Les ressources régulières de l'Association proviennent des cotisations des membres, des dons de soutien, des entrées au Musée et des subventions de la Mairie de Ferrières, de la Communauté de Communes et du Conseil Général du Tarn.

Le Parc Naturel Régional du Haut-Languedoc, la Région Midi-Pyrénées, la Direction Régionale des Actions Culturelles (DRAC) soutiennent financièrement les projets et actions spécifiques.